宏基因组测序—环境微生物研究
宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。
应用方向
人体或动物微生态及其与疾病关联:
如肠道菌群，皮肤菌群，口腔菌群，肥胖、糖尿病、癌症等患者肠道微生物；
自然环境微生态：
如作物根系或受污染等土壤微生物，海洋、冰川、污水等水体微生物；
工业环境微生态：
如食品发酵液、酸性工业废水、污泥处理器等微生物多样性，以及产甲烷菌、硝化 / 反硝化细菌的功能基因研究。
食品或药品的微生物安全检测。
信息分析
分析内容=标准分析+高级分析。
以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，直接提取群落样本的DNA，采用二代测序技术，获得群落微生物基因信息总和。
| 分析内容 |
解决问题 |
| 测序数据质量评估 |
过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| 基因预测 |
基因预测及相关性分析 |
| 物种、功能注释 |
物种、基因功能注释及相关分析 |
| CARD |
耐药基因相关分析 |
| 高级分析 |
解决问题 |
| CAG／MLG分析 |
疾病和菌株关联研究 |
| 噬菌体 |
噬菌体及前噬菌体预测及分析 |
送样建议
| 样本类型 |
建议送样量 |
最低送样量 |
| 土壤/污泥/沉积物/腐殖质 |
3g |
1g |
| 水体滤膜（孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm） |
3张 |
1张 |
| 空气滤膜（直径种类多，与采样器搭配，有明显颜色沉淀在滤膜上） |
3张 |
1张 |
| 拭子 |
5-10个 |
3个 |
| 瘤胃液／发酵液／组织液／冲洗液（离心有明显沉淀） |
3-5mL,沉淀1g |
1mL,沉淀0.5g |
| 粪便/肠道内容物 |
2g(小鼠6-10粒) |
0.5g(小鼠3粒) |
| 动物/人组织 |
1g |
0.5g |
| 牛奶／酸奶 |
30mL／50g |
10mL／5g |
| 食糜 |
2g |
1g |
| 食品表面拭子 |
10个 |
5个 |